Chagall suit avec intérêt le projet : c’est lui qui demande qu’un auditorium fasse partie des salles prévues. Il souhaite également enrichir le bâtiment en ajoutant les vitraux de l’auditorium et une mosaïque qui entraîne la modification des axes de circulation du musée.
En 1973, l’artiste est présent pour l’inauguration du musée national Message Biblique Marc Chagall, avec André Malraux et le ministre de la Culture de l’époque, Maurice Druon.
Jusqu’à sa mort en 1985, Marc Chagall a accompagné les premières années de la vie de l’institution. Il est présent aux inaugurations d’expositions et lance, grâce à ses relations amicales, une prestigieuse politique de concerts.
Après la mort de Chagall, le musée bénéficie du dépôt d’une partie importante de la dation (procédure qui permet le paiement en oeuvres d’art des droits d’héritage. La dation Chagall a comporté plus de 300 oeuvres) . De nouvelles acquisitions enrichissent peu à peu les collections et, grâce à l’appui des héritiers du peintre, le musée devient monographique à part entière, témoignant à la fois de la spiritualité de l’œuvre de l’artiste et de son inscription dans les courants artistiques du XXème siècle.
En 2008, le musée change donc de nom et devient musée national Marc Chagall.
En 2006-2007, une importante campagne de travaux a permis de moderniser les parties techniques du musée sans en changer l’aspect : un bâtiment d’accueil a été créé dans le jardin pour répondre à l’augmentation importante des flux de visiteurs (passés de 30 000 l’année de l’ouverture à presque 200 000 aujourd’hui), des bureaux et des réserves plus grandes ont trouvé place dans le premier sous-sol.
